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□エピソード１
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A.C20XX年。
ケニアのトゥルカナ湖の発掘現場において発見された遺跡。
その遺跡から光を放ち、現れたのは謎の物体
「ゾハル」。
その後人類は地球圏からの脱出を余儀なくされ、それから4000年の時を経た宇宙空間から物語は始まる。
T.C.4767年。
惑星が消失するという事件の調査のために派遣された星団連邦政府軍の艦隊と、その指令艦であるｳﾞｫｰｸﾘﾝﾃﾞは、ｸﾞﾉｰｼｽという謎の集団に襲われ壊滅する。
ｳﾞｫｰｸﾘﾝﾃﾞに同乗していたｼｵﾝと対ｸﾞﾉｰｼｽ兵器開発ﾁｰﾑは、襲撃を予測したように突如として自律モードで起動したKOS-MOSによって難を逃れたる。
ｼｵﾝはｱﾚﾝやｱﾝﾄﾞﾘｭｰ中佐、KOS-MOSと共に貨客船ｴﾙｻﾞに救助される。
そして当初の予定の通り、KOS-MOSを第二ミルチアへと移送するべく、彼らは向かう。
時を同じくして、連邦政府の「接触小委員会」は重要ﾃﾞｰﾀを秘めたﾌﾟﾛﾄﾀｲﾌﾟの百式汎観測器であるﾚｱﾘｴﾝ
M.O.M.O.(ﾓﾓ)
がU-TIC機関によって幽閉され、それが小惑星ﾌﾟﾛﾚﾏであるという情報をつかみ、ｻｲﾎﾞｰｸﾞである
ｼﾞｸﾞﾗｯﾄ8（ｼﾞｷﾞｰ）
を救出へと向かわせた。
ﾓﾓとｼﾞｷﾞｰは小型艇で脱出し、ちょうど同じ航路にいたｴﾙｻﾞに会い、KOS-MOSたちと行き先が同じだということから行動を共にする。
そしてまた別の場所で、惑星消失事件を調査に来ていた戦艦ﾃﾞｭﾗﾝﾀﾞﾙは、U-TIC機関と遭遇し一戦を交える。その後連邦艦隊(ｳﾞｫｰｸﾘﾝﾃﾞ)の遭難ﾎﾟｲﾝﾄへと移動していた。