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□a missing year
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ep2より半年後―――
ｸﾞﾉｰｼｽ発生現象が、主要都市だけを狙うようにして起きる事件が多発した。
事件の調査にあたったｼﾞﾝは
『ｸﾞﾘﾓｱ･ｳﾞｪﾙﾑ』
という名を聞いた。
そして事件現場で1人の少女ﾚｱﾘｴﾝと出会う。
少女は
"ｸﾞﾘﾓｱの少女"
と呼ばれていた。
同じく事件の調査に赴いていたﾄﾞｸﾄｩｽはその少女を渡すように要求した。
ｼﾞﾝはその要求を断り、ｸﾞﾘﾓｱの少女はﾕﾘ・ﾐｽﾞﾗﾋに保護された。
ｳﾞｪｸﾀｰ三局がｸﾞﾘﾓｱの少女を調査することになり、ｱﾄﾞﾊﾞｲｻﾞｰとして参加したｼｵﾝは少女が自ら名乗った名前に驚愕する。
少女はﾚｱﾘｴﾝだが、製造記録も本人の記憶にもﾃﾞｰﾀがなかった。覚えているのは
『ﾈﾋﾟﾘﾑ』
という名前だけ。
ｸﾞﾘﾓｱはﾚﾒｹﾞﾄﾝを開発した人物で、
そのﾚﾒｹﾞﾄﾝ自体は今は断片化しU.M.N.内で拡散していた。
そしてまたｸﾞﾉｰｼｽが都市部で出現する。
そこは「ﾈﾋﾟﾘﾑ(ｸﾞﾘﾓｱの少女)」を保護しているﾗﾎﾞだった。
ｼｵﾝとKOS-MOSが救出したﾕﾘと｢ﾈﾋﾟﾘﾑ」を連れ、ﾗﾎﾞから脱出しようとしたときﾄﾞｸﾄｩｽが少女を攫った。
ｼﾞﾝとｼｵﾝは少女を奪還すべくｽｷｴﾝﾃｨｱの戦艦に侵入する。
そして艦内部で「ｸﾞﾘﾓｱの少女」の調査がはじまる。
調査中に少女が覚醒、助けようとしたｼｵﾝの精神と共にU.M.N.へ転移し、消えてしまった。