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□エピソード1
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ゲートジャンプ中、何かの力によってか「聖堂船」という惑星規模の大きなグノーシスにエルザとシオンたちは取り込まれた。
シオンたちはエルザと離れ離れになり、センサーで探し出した位置へと向かい聖堂船内部を移動する。
その内部はどこかの街(惑星)をそのまま取り込んだような構造をしていた。
シオンたちともエルザとも離れてしまったアンドリューはその取り込まれた風景を知っていた。
やがてシオンたちと合流を果たしたアンドリュー中佐は、グノーシスへと変異する。
聖堂船を脱出するも膨大な数のグノーシスの集団に追いつかれそうなエルザに、通りかかったデュランダルが援護射撃を開始するも、弾が尽きかけ再びエルザにグノーシスたちが追いきそうになる。
だが、またKOS-MOSの活躍によってシオンたちは難を逃れた。
クーカイ・ファウンデーションの所有するコロニーに舞台は移る。
シオンたち一行は、そのコロニーごと第二ミルチア系圏へと移動してきたが、連邦艦隊によって進路を阻まれる。
U-TIC機関の策略により、連邦艦隊への反逆行為の容疑がファウンデーションにかけられていた。
反逆行為の容疑を晴らすために、エンセフェロンダイブを行う。嫌疑は晴れファウンデーションへの拘束は解かれた。
が、何処からか転移をしてきたグノーシスが連邦艦隊とコロニーを襲う。
KOS-MOSのヒルベルトエフェクトを広域展開させてコロニー内の住人を避難させる手段をとるが、
グノーシスはファウンデーションのコロニーを囲むように次々と転移して現れる。
連邦艦隊の司令官の独断によってファウンデーションへの攻撃が開始されようとしたそのとき、
突如としてあらわれた「曙光」と三隻の新造艦による「ラインの乙女」の一斉射撃によって状況は一変する。